L’arribada de la democràcia marca l’inici d’una nova etapa
A partir de 1980, en el nou context polític i social de la transició democràtica i de la recuperació institucional de la Generalitat de Catalunya, comença també una nova etapa per als diferents equipaments patrimonials que, d’acord amb la Llei de Museus aprovada l’any 1990, havien de passar a integrar el Museu Nacional d’Arqueologia de Catalunya.
El Museu Arqueològic de Barcelona incorpora nous laboratoris i es projecta, a mitjans de la dècada de 1980, un important pla de renovació i reordenació dels espais, tot i que únicament es va poder emprendre una primera fase limitada a l’eix central de l’edifici.
A Empúries es desenvolupen en aquest període nous projectes d’excavació que aporten un avanç notable en la interpretació del jaciment, juntament amb actuacions per a la millora de la protecció i conservació les restes, així com dels serveis i recursos destinats als visitants. En el context de l’arribada de la flama olímpica a Empúries l’any 1992, es renova el museu monogràfic, amb la incorporació també, per primera vegada, de recursos audiovisuals. Aquest mateix impuls condueix a la creació, per part de la Diputació de Barcelona, de l’organisme autònom Conjunt Monumental d’Empúries, amb l’objectiu de potenciar el jaciment i, en general, totes les activitats de recerca, difusió, conservació i manteniment, amb la vista ja posada en el traspàs a la Generalitat i en la seva integració al Museu d’Arqueologia de Catalunya.
A Girona, l’any 1979 els fons artístics passen a formar part del Museu d’Art, creat el 1976, mentre que les col·leccions arqueològiques continuen a Sant Pere de Galligants, cosa que permetrà dedicar tot l’espai del monestir a museu arqueològic. Acabades les obres de restauració de l’església i el sobreclaustre, l’any 1981 es reobre com a Museu Arqueològic de Sant Pere de Galligants, en una actuació conjunta de la Diputació de Girona i la Direcció General del Patrimoni Cultural de la Generalitat, amb aportació econòmica del Ministerio de Cultura. El mateix any, l’aleshores Servei d'Investigacions Arqueològiques passa a denominar-se Centre d’Investigacions Arqueològiques de Girona, iniciant un impuls notable a l’arqueologia de les comarques gironines. A la vegada es funda un departament d’arqueologia subaquàtica, continuador dels treballs del Patronato de Excavaciones Arqueológicas Submarinas de la Provincia Marítima de Gerona, constituït per ordre ministerial el 1972. L’any 1994 s’inaugura el Centre de Pedret, on es concentraran els serveis administratius i educatius i els de suport científic i tècnic al museu de Sant Pere de Galligants, i la nova seu del Centre d’Arqueologia Subaquàtica de Catalunya (creat el 1992), que a partir de 1996 formarà part del Museu d'Arqueologia de Catalunya.
L’any 1983 s’inicien a Olèrdola les excavacions arqueològiques sistemàtiques. L’any 1998 s’inaugura una nova museografia al reformat Centre d’Interpretació i es dota l’equipament d’una aula taller i un espai polivalent. A partir del mateix any, diferents projectes integrals acabaran posant en valor els principals monuments: les esglésies preromàniques i romàniques de Sant Miquel infra muros (2006-2008) i Santa Maria extra muros (2016-2017) amb les seves necròpolis (2006-2024), la muralla romana republicana (2012, 2021-2025), el castell residencial alt medieval (2025) així com la zona arqueològica de l’entrada al recinte amb restes des de l’inici de l’edat del bronze fins a l’edat mitjana (2000-2006).
A Ullastret, el 1976 poc després del seu descobriment, s’inicien les excavacions sistemàtiques al jaciment ibèric de l’Illa d’en Reixac. Les intervencions, que es perllongaran fins a mitjans de la dècada dels anys noranta, posaren de manifest la importància del jaciment, fet que propicià que la Diputació de Girona adquirís els terrenys. Entre 1982 i 1986 es descobreix i s’excava el tercer gran jaciment que conforma el conjunt ibèric d’Ullastret: la necròpolis de Puig de Serra (Serra de Daró). El 1992 els dos assentaments (Puig de Sant Andreu i Illa d’en Reixac) i el museu monogràfic són traspassats per la Diputació de Girona al Departament de Cultura en compliment de la Llei de Museus. El 1996 s’inaugura una remodelació del museu i una nova museografia que posa en valor la societat i cultura ibèrica.