L’estratigrafia conservada permet constatar la successió dels diferents nivells de paviment i murs dels àmbits al llarg de les diferents fases d’ocupació. Les pautes constructives repeteixen les ja conegudes a la Neàpolis, amb els murs amb un sòcol de pedres i un alçat de tovots d’argila. Els paviments de l’interior de les estances eren gairebé sempre d’argila de color vermellós, endurida i d’un gruix variable, mentre que a les zones exteriors es feien servir preferentment les graves o còdols.
Quant als elements estructurals, assenyalarem també la identificació d’algunes llars i, en un dels àmbits, d’un petit pou d’aigua dolça de planta quadrada i de poca profunditat, excavat parcialment a la roca del subsol. L’existència d’uns espais de dimensions més grans a l’extrem nord, pavimentats amb còdols i, més tard, amb grans lloses rectangulars de pedra, podria suggerir també una funció diferent, com ara magatzems o zones de pas.
Entre els materials ceràmics recuperats cal remarcar la presència de diversos tipus d’àmfores (etrusques, suditàliques, massaliotes, corínties, ibèriques, etc.) i de vaixella de taula o d’emmagatzematge (copes de tradició jònia, ceràmiques àtiques de vernís negre i de figures negres, ceràmiques gregues d’occident de pasta clara, ceràmiques grises monocromes, ibèriques pintades, etc.).
El repertori de materials recuperat repeteix essencialment el que coneixem per als contextos dels nivells d’època tardoarcaica de la Neàpolis i també de la Palaiàpolis d’Empòrion. En algunes zones, l’estratigrafia conservada permet documentar la continuïtat de l’ocupació fins als segles V-IV aC, tot i que l’erosió que ha patit el jaciment en aquest extrem nord-oriental que aflora sota la duna ha fet desaparèixer en gran part l’estratigrafia i les restes de les etapes posteriors del nucli.
L’existència d’aquestes construccions, avui a pocs metres del mar, suggereix que l’entorn topogràfic i natural d’aquest façana marítima d’Empúries fa 2.500 anys devia ser notablement diferent al que avui podem percebre. Per aquest motiu, un dels objectius del projecte és intentar determinar amb més precisió la progressió del nivell del mar al llarg dels darrers mil·lennis, amb el benentès que en l’època grega i romana seria més baix que l’actual.
Les dades recopilades fins al moment assenyalen també que els afloraments rocosos situats just a llevant, com les Muscleres Grosses, devien tenir un volum i una extensió més gran que l’actual, de manera que constituïen una protecció natural per fer front als temporals de llevant per a totes aquelles construccions de la façana oriental de la ciutat grega.
Encara que estratigràficament i cronològicament les restes descobertes corresponen sobretot a les etapes més antigues de la ciutat grega, s’ha pogut constatar també la superposició d’estructures d’èpoques bastant més recents. Especial interès mereixen les restes del potent mur localitzat al límit nord, fet amb un parament exterior de grans blocs exteriors de pedra calcària i un reble interior d’opus caementicium, que, molt probablement, enllaçaria directament amb l’anomenat moll grec, construït cap a mitjans del segle II aC en el marc de la construcció del “port artificial”.
Les limitacions del vell port natural devien ser determinants per a la construcció d’aquest nou espai que devia estar directament connectat amb el conjunt àgora-estoa de la ciutat grega, construït també en el mateix moment.
Pel que fa als treballs geomorfològics i paleoambientals realitzats en el sector del port natural, esmentarem la prospecció mitjançant tomografia sísmica encaminada a la reconstrucció del paleorelleu d’aquesta antiga fondalada. L’objectiu és obtenir un mapa detallat del fons, per tal de determinar així la potència de calat dels diferents sectors i la seva accessibilitat. Totes aquestes dades s’incorporaran en la reconstrucció en 3D que actualment s’està realitzant de l’espai de l’antic port.
Finalment, hem de parlar de la realització de dos nous sondejos sedimentològics, un a la part de la fondalada propera a Sant Martí d’Empúries i l’altre en els camps situats a tocar de la ciutat grega. L’estratigrafia mostra una potent sedimentació, de 10,30 metres i 8,20 metres de fondària respectivament, formada per sorres de gra variable, acumulades durant el procés de rebliment del port natural. Les primeres datacions radiocarbòniques obtingudes assenyalen que aquest procés fou ràpid i especialment intens des del segle VI dC en endavant, fins al punt que en poc més d’un segle quedà totalment cegat, cosa que en va fer impossible l’ús com a espai portuari. Fins al moment, desconeixem si aquest procés va tenir també una afectació similar al “port artificial”.
La interrelació entre les dades arqueològiques i els estudis paleoambientals, que mostren un canvi important en el poblament i en el paisatge en els transcurs dels segles V-VIII dC, podria ajudar a entendre la configuració d’Empúries durant la tardoantiguitat i el desplaçament de la seu episcopal al vessant oest del turó i, qui sap si també, d’una part de les instal·lacions portuàries a l’estuari adjacent. Intentar resoldre aquest enigma és, justament, un dels reptes que pretén resoldre el projecte de recerca en aquests propers anys.