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Visita romana
El año 218 a.C., con motivo de la Segunda Guerra Púnica, un ejército romano comandado por Cneo Cornelio Escipión desembarcó en el puerto de Empúries con el objetivo de cerrar el paso por tierra a las tropas cartaginesas. Se iniciaba de este modo el proceso que llevaría a la romanización de la Península Ibérica.
En el año 195 a.C., Marco Porcio Catón instaló un campamento militar en Empúries que constituyó el embrión de una nueva ciudad, creada al principio del siglo I a.C. En época del emperador Augusto, las ciudades griega y romana se unieron física y jurídicamente bajo el nombre de Municipium Emporiae (último cuarto del siglo I a.C.). Mientras que Gerunda (Gerona), Barcino (Barcelona), Tarraco (Tarragona) y otras ciudades romanas de la Península iban cobrando cada vez más importancia, Emporiae la perdía progresivamente. En la segunda mitad del siglo III d.C., toda la ciudad romana y el sector de la Neapolis se encontraban ya abandonados, concentrándose la población en Sant Martí d'Empúries. Esta ciudad fue sede episcopal durante toda la Antigüedad Tardía y sus habitantes utilizaban como cementerio el área norte de la Neapolis, donde se encuentran los restos de una capilla funeraria.
Después de la invasión árabe y de la recuperación franca (s. VIII), Empúries fue capital del condado carolingio de Empúries y posteriormente capital del condado medieval de Empúries hasta el siglo XI, momento en que el conde traslada la capital a Castelló. A partir de aquel momento, Empúries se convirtió en un pequeño núcleo de pescadores que fundaron en el siglo XVI la villa de l'Escala.